B. subtilis thường được tìm thấy ở rơm, rạ và lớp trên cùng của đất cũng như trong ruột của nhiều loài động vật. Một nghiên cứu năm 2009 đã cho biết mật độ của quần thể này ở đất là khoảng 106 / gram; còn trong phân người là khoảng 104 / gram.[14] Số lượng bào tử được tìm thấy trong ruột của con người quá cao chỉ được quy cho việc tiêu thụ thông qua ô nhiễm thực phẩm. Ở ong mật, loài trực khuẩn này được cho là tạo điều kiện tốt cho thích nghi sinh thái và sức khỏe.[15]

Ở ngoài cơ thể cộng sinh (rơm, rạ, mặt đất) nó sống tự do và như là sinh vật hiếu khí bắt buộc; còn khi nội cộng sinh trong cơ thể sinh vật khác thì nó lại kị khí.